復旦大學歷來十分重視研究生教育，始終把發展研究生教育，提升研究生教育的質量和水平，視為加快建設世界一流大學的關鍵。在中國研究生教育史上，復旦大學曾實現過三個“率先”。1923年，從金陵大學畢業的文學學士蔡樂生，進入復旦大學心理學院攻讀碩士學位研究生，標志著復旦大學研究生教育的開始，這在國人所辦的高等學校中是首開先河的。新中國成立的1949年，復旦大學率先在全國公開招收研究生，從1949年10月至1965年12月共計招收、培養研究生651人。1977年10月，在蘇步青的建議下，教育部批準復旦大學在全國最早恢復研究生教育，并公開面向全國招收研究生。1984年，復旦大學和上海醫科大學成為全國首批建立研究生院的高校。
復旦大學是我國研究生培養的一個重要基地。經過國家歷次學位授權審核工作，學校已建立起包含哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、醫學、管理學、藝術學等11個學科門類在內的完善研究生培養和學位授權體系。截止目前，全校研究生教育共涉及44個一級學科，其中博士學位授權一級學科點37個、僅碩士學位授權的一級學科點6個、僅有碩士學位授權的二級學科點1個；培養專業學位研究生涉及博士專業學位授權點4個、碩士專業學位授權點32個，基本形成較為齊全的研究生教育學科專業和學位授權體系。
近年來，學校不斷加強研究生教育綜合改革，各類研究生結構、比例更加優化，研究生招生、培養和學位授予質量持續提升。自1978年恢復研究生教育至2019年1月，全校已累計授予研究生學位人數共計102465人，其中授予博士學位19716人（含學術學位17733人，專業學位1983人）；授予碩士學位82749人（含學術學位40332人，專業學位42417人）。
學校始終以“提高研究生培養質量”為核心，不斷調整和完善高層次專門人才的成才機制，努力營造濃厚的學術氛圍，激發研究生的科研創新能力，研究生成為學校科研生力軍的勢頭日益顯現。在校研究生在Science、Nature等國際頂級期刊上發表論文的數量穩步提升，表現出巨大的科研潛力。根據統計，2017年度復旦大學主導發表的SCI、SSCI、AHCI、EI四類論文中，研究生參與發表論文數量占70%，主導發表論文數量占56%。在1999年至2013年連續15屆的全國百篇優秀博士學位論文評選活動中，復旦大學共獲得全國優秀博士學位論文58篇，在全國高校中位列第三，并累計有78篇博士學位論文獲得全國優秀博士學位論文提名。
學校建成了一支高水平的研究生師資隊伍。截止2019年4月，全校共有研究生導師3913人（不含校外兼職導師），其中博士生導師1972人，碩士生導師1941人；另有校外兼職博士生導師150人，校外兼職碩士生導師992人。
學校積極推進研究生教育國際化，與全球40多個國家和地區，超過270所大學和科研教育機構，簽署了400多份交流協議，與世界范圍內一大批有影響力的高水平大學和學術科研機構建立了研究生教育交流和合作關系。
高質量的研究生也贏得了就業市場的肯定。復旦大學畢業研究生以其深厚的知識素養、出色的實踐能力和積極的創新精神，受到用人單位的廣泛贊譽。據2018年9月發布的“2019年QS世界大學就業競爭力排名”，復旦大學畢業生就業競爭力位列全球第26位，在進入全球排名前100的5所中國大學中位居第三。
復旦大學研究生院負責總體規劃、統籌管理全校的學位與研究生教育工作。各院系和科研單位是實施研究生教育的主體機構。
